2.2. A második korszak: Az akadémiai intézetté válástól a 70-es évekig

1955-ben az Intézet a Magyar Tudományos Akadémia kutatóintézeti hálózatának részévé vált. Személyzete ekkorra már 8 kutatóra bővült. Ebben az időszakban kerültek a Dunántúli Tudományos Intézethez olyan kutatók, mint:

RÚZSÁS LAJOS - történész
SIMOR FERENC - meteorológus, éghajlatkutató
LOVÁSZ GYÖRGY - geográfus
T. MÉREY KLÁRA - történész
KIRÁLY ISTVÁN - történész
ANDRÁSFALVY BERTALAN - néprajzkutató
KOLTA JÁNOS - a gazdaságföldrajz kutatója

A kutatók szakterületét áttekintve megjelenik tehát egy természettudományi és egy társadalomtudományi „tagozat” melyek képviselői egyaránt a Dunántúl területét vizsgálták különféle aspektusokból. Bár az intézet történeti fejlődésében mindig is jelen volt e kettősség, tehát sohasem lehetett egyértelműen kijelenteni, hogy tisztán „természettudományi”, vagy „társadalomtudományi” profilú kutatásokat végeztek itt, voltak bizonyos időszakok, amikor inkább az egyik, máskor pedig a másik „vonulat” érvényesült erőteljesebben. Ebben sok szerepe volt az éppen uralmon lévő nagypolitikai áramlatoknak, az akadémia, illetve az intézet vezetősége tudománypolitikai célkitűzéseinek, a helyi politikának, és végül, de nem utolsó sorban az itt működő tudós szakemberek egyéni irányultságának is, hiszen számosan közülük aktívan részt vettek a helyi közéletben és egy fajta kulturális missziót is elvállaltak a város érdekében. Ide sorolhatjuk például SZABÓ PÁL ZOLTÁN azon tevékenységeit, melynek során például 1948-ban megszervezte a Pécsi Állami Pedagógiai Főiskolát, anélkül, hogy a Dunántúli Tudományos Intézetet elhagyta volna, illetve részt vett a Pécsi Egyetem 1941-ben megszüntetett bölcsészettudományi karának 1945. évi újraindításában, oktatási munkájában, valamint RÚZSÁS LAJOS, T. MÉREY KLÁRA, BABICS ANDRÁS a Magyar Történelmi Társulat Dél-Dunántúli Csoportjában betöltött szerepét. Az Intézet szoros kapcsolatot tartott fenn az akadémiai bizottságokkal, irányító szerepet játszott az országos és helyi tudományos és kulturális egyesületek életében, illetve ápolta velük kapcsolatait  (TIT, Magyar Történelmi Társulat, Magyar Földrajzi Társaság, Pécsi Egyetem, Pécsi Levéltár, Baranya Megyei Múzeumok Igazgatósága). Bár a Dunántúli Tudományos Intézet 1947-től kezdve a keretében folyó kutatások eredményeit a „Dunántúli Tudományos Gyűjtemény” c. sorozatban publikálta, a kiadvány 1949-54-ig szünetelt. Amikor azonban az intézet akadémiai intézménnyé vált, a kiadvány újból megindult és 45 szám jelent meg. 1958-tól kezdődően a kutatási eredmények „Értekezések” sorozati címmel jelentek meg.

Az 50-es, 60-as években Délkelet-Európa gazdasági életének elmaradottsága legszembetűnőbb volt a bányászat és az ipar területén. A történettudomány feladatává vált annak kiderítése, milyen okok játszottak közre abban, hogy az iparfejlődés a Dunántúlon elmaradt, szerkezete pedig eltorzult. Az ipar akkori fejletlensége és annak negatív kihatása az általános gazdasági helyzetre tényként kezelendő, ugyanakkor ezek voltak azok az évtizedek is, amikor a szovjet mintájú „szocialista” iparosítás Magyarországon is beindult és erőteljes lendületet vett. Ez természetesen az intézet kutatási témáira is kihatott, ugyanakkor mai szemmel visszatekintve e kutatások eredményeiből már értékes ipartörténeti munkák születtek, melyek a város és térsége életéről, társadalmáról, kultúrájáról is nagyon sok érdekes adalékot szolgáltatnak, még akkor is, ha szemléletmódjuk elsősorban tudományos megközelítést tükröz.

Az ipartörténeti vonulat mellett a kutatások kitértek az iparfejlődés által kiváltott, illetve azt kísérő, társadalmi átalakulásokra is, elsősorban a parasztság, illetve az ipari munkásság megváltozott életkörülményeire, helyzetére, valamint szervezettségére vonatkozóan szolgáltak értékes történeti adatokkal, illetve összefüggésekkel. E tekintetben BABICS ANDRÁS, RÚZSÁS LAJOS, T. MÉREY KLÁRA ÉS ANDRÁSFALVY BERTALAN kutatásai voltak kiemelkedőek.

1963. január elsején lépett az intézet kötelékébe negyedik történész munkatársa, KIRÁLY ISTVÁN. A parasztság felbomlásának néhány kérdése a XX. század elején című tanulmánya 1952-ben jelent meg, amelynek egyik problémájából kiindulva, mint az intézet külső munkatársa vizsgálta az állattartás fejlődését Somogy megyében.

1960-tól viszont megindult a néprajzkutatás. ANDRÁSFALVY BERTALAN tudományos munkatárs a magyarországi szőlőművelésnek összefüggéseit kereste a délkelet-európai szőlőkultúrával. Ezt a balkáni szőlőkultúrát Albániával kapcsolatban részletesen vizsgálta. Kutatta ezen kívül a Tolna megyei Sárköz népi ártéri gazdálkodását, egyáltalán a Duna menti ártéri gazdálkodást az elmúlt századokban. Mindezekkel hozzájárult az európai ártéri gazdálkodás vonásainak megrajzolásához. Jelentős eredményeket ért el az összetartozó falvak, népcsoportok, a helyi kultúrák egymásra hatásának vizsgálatában is.