„A felállítandó intézménynek célja volna, hogy a Dunántúlon megfordult és élő népek települési, biológiai, politikai, gazdasági, társadalmi, szelleméleti történelmét kutassa és annak feltárásával ez országrész magyarságának minden rétegét öntudatra ébressze, s azt helyes irányban erősítve jövendőnk céljait és az azokhoz vezető utakat megjelölje… A magyar szellemi életnek a lehető legmagasabb fokra emelése érdekében minden áldozatot meg kell hoznunk.”  A közvélemény óhaját e szavakkal fejezte ki FISCHER BÉLA, Baranya Vármegye alispánja midőn 1942. december 17-én az Országgyűlés felsőházának 79. ülésén benyújtotta erre vonatkozó előterjesztését.

Ezt megelőzően KÁLLAY MIKLÓS miniszterelnököt és a németség ügyét jobban támogató HÓMAN BÁLINT kultuszminisztert 1942 májusában eredménytelenül keresték meg ebben az ügyben.

SZINYEI MERSE JENŐ kultuszminisztersége idején azonban az intézet felállításának esélyei megnőttek. A közvélemény nyomása ez időre már annyira megerősödött, hogy a kultuszminiszter 1943. áprilisában a 63 752/1943 számú rendeletével végül az intézetet felállította.

E rendelet azonban korántsem jelentette automatikusan az intézet létrejöttét. Ahhoz még további erőfeszítések voltak szükségesek.

Alapító rendelet kiadásakor meglévő tervek:
15 intézeti tanár  150,000 pengő költségvetés
1943 második felében induló működés.

Ezzel szemben a valóság a következő volt:
25,000 pengő ellátmányra zsugorodó költségvetés, amit végül nem is kapott meg.
1943 októberében indul meg a működése.

Az intézet épületben való elhelyezésére a kezdetekben nem volt mód. Néhány haladó szellemű magánembernek köszönhetően egyetlen külvárosi szobához jutott kezdetben az intézet. Bútorzatát magánszemélyek adták össze, illetve több bútordarab a városi szegényház felesleges darabjaiból került ki.

1943. április 20-án négy fővel tehát megalakult a Dunántúli Tudományos Intézet, amely az egyetem keretén belül kezdte meg működését. Ideiglenes, bérelt helyszínt (Lánc u. 22.) követően, 1946 körül került jelenlegi helyére, a Matessa-árvaházba. Az 1950-es évektől a földszinten az intézet, és egy ideig a Gabonaforgalmi Vállalat, az  emeleten az Ifjúság- és Gyermekvédő Intézet működött 1975-ig.

Az Intézet első igazgatója: SZABÓ PÁL ZOLTÁN lett.

Az Intézet megszületését inkább a haladó társadalmi csoportoknak, semmint az államhatalomnak köszönhette. Mivel semmi remény nem mutatkozott állami segítségre az igazgató újra ugyanezekhez a társadalmi erőkhöz fordult. Felkereste a Dunántúl megyéiben és városaiban a haladó szellemű, illetve a német irányzatot aggodalommal szemlélő vezető személyeket, hogy az intézet céljait velük megismertesse és tőlük anyagi támogatást kérjen. (Állami javadalmazás 1943. december végén: 3000 pengőre zsugorodott).

A Dunántúli Tudományos Intézet tehát nemcsak a Dunántúl számára, hanem jórészt a Dunántúl erejéből jött létre.